Lê Trung Tông tên húy là Lê Long Việt (黎龍鉞), sinh năm Quý Mùi 983 tại kinh đô Hoa Lư, con trai thứ ba của Lê Đại Hành, mẹ là Chi hậu Diệu nữ,[1] em trai là Lê Long Đĩnh.

Hoàng đế Lê Đại Hành có hơn 10 hoàng tử, đều phong Vương. Năm Kỷ Sửu (989), Long Việt thụ phong tước Nam Phong vương (南封王), cùng với Kình Thiên đại vương Lê Long Thâu và Đông Thành vương Lê Long Tích.

Năm Giáp Thìn (1001), Nam Phong vương Lê Long Việt được lập làm Thái tử, lại gia phong Long Đĩnh làm Khai Minh đại vương, Long Tích làm Đông Thành đại vương. Trước đó, Long Đĩnh xin làm Thái tử, vua có ý muốn cho. Đình thần nghị bàn cho rằng không lập con trưởng mà lập con thứ là không phải lễ. Vua bèn thôi. Đến đây lập Long Việt làm Hoàng thái tử mà gia phong Long Đĩnh và Long Tích làm Đại vương.

Năm Ất Tỵ (1005), mùa xuân tháng 3, Lê Đại Hành mất, các hoàng tử tranh ngôi, đánh nhau 8 tháng, trong nước không có chủ. Tranh chấp chính xảy ra giữa Thái tử Long Việt và hoàng tử thứ hai Lê Ngân Tích là người lớn nhất trong số các anh em còn lại. Tháng 10 năm đó, Ngân Tích thua chạy đến châu Thạch Hà (Hà Tĩnh) thì bị người bản địa giết chết. Long Việt lên ngôi, trong nước vẫn chưa yên ổn hẳn.

Được 3 ngày, Trung Tông bị em cùng mẹ là Lê Long Đĩnh sai người trèo tường lẻn vào cung hãm hại, hưởng dương 22 tuổi. Long Đĩnh lên ngôi, truy đặt thụy cho Long Việt là Trung Tông Hoàng đế, cho Lý Công Uẩn làm Tứ sương quân Phó Chỉ huy sứ.

Ngô Sĩ Liên viết trong Đại Việt Sử ký Toàn thư:

"Đại Hành băng, Trung Tông vâng di chiếu nối ngôi. Long Đĩnh làm loạn, Trung Tông vì anh em cùng mẹ không nỡ giết, tha cho. Sau Long Đĩnh sai bọn trộm cướp đêm trèo tường vào cung giết Trung Tông."

Sách Đại Việt sử ký toàn thư, Đại Việt sử ký tiền biên đánh giá về Lê Trung Tông:

“Vua không biết phòng giữ cẩn mật đến nỗi bị nạn, có tính nhân hậu mà không biết làm vua, đáng tiếc thay!”

Trong sách Đại Việt sử ký tiền biên, nhà sử học Ngô Sĩ Liên thì bàn rằng:

“Xét việc Trung Tông lên ngôi mới được 3 ngày, chưa kịp đổi niên hiệu đã bị giết, trước 3 ngày đó thuộc Đại Hành, sau 3 ngày đó thuộc Ngọa Triều. Niên hiệu hình như không lệ thuộc vào đâu, nhưng Trung Tông chính ngôi Thái tử, Lê Đại Hành mất, [Trung Tông] vâng theo di chiếu nối ngôi, tức là Thái tử lên ngôi báu đã thành vua rồi. Năm đó tuy Ngọa Triều đã cướp ngôi, nhưng cũng chưa có niên hiệu, đối với phép chép sử biên niên không có vướng mắc gì. Xét như Bắc sử, khi vua Minh Thần Tông mất, Thái tử Hy Tông lên nối ngôi, chưa kịp đổi niên hiệu nhưng sử vẫn chép to chữ “Hy Tông” cho rõ chính thống mà niên hiệu thì viết to chữ “Vạn Lịch năm thứ 40 vua [Thần Tông] mất”. Như vậy kỷ Lê Trung Tông nên chép theo phép chép ấy là đúng, cho nên chép theo như thế”.